| 費用の項目 | 変更事項もしくは適用 | 生産行程管理者 | 小分け業者 |
| 金額（単位は円）もしくは算出の方法 | 金額もしくは算出の方法 | ||
| ①書類発行審査費用 | 生産（もしくは小分け）及び保管に係わる施設 | 農場内加工施設割増に該当する施設について適用し、農場内加工施設割増費用に含むものとする。 | 施設の変更：料金別表3-2の該当する規模の費用の35% |
| 生産（もしくは小分け）行程管理の実施方法 | 生産者もしくは面積の変更の場合は、事業者の栽培管理のパターンごとに別表3-3から3-5の変更となった分の人数もしくは面積を各ランクとして適用し該当費用の４０％とする。作物数の変更の場合は、一品目について2,250円とする。 | 小分けの実施方法の変更：料金別表3-2の該当する規模の費用の35% | |
| 生産（もしくは小分け）行程管理の体制 | 938 | ＊担当者の変更のみの場合は適用しない。 | |
| 格付もしくは格付の再表示の方法 | 生産者もしくは面積の変更の場合は、事業者の栽培管理のパターンごとに別表3-3から3-5の変更となった分の人数もしくは面積を各ランクとして適用し該当費用の20%とする。作物数の変更の場合は、一品目について1,125円とする。 | 格付の再表示の実施方法の変更：料金別表3-2の該当する規模の費用の30% | |
| 格付もしくは格付の再表示の体制 | 938 | ＊担当者の変更のみの場合は適用しない。 | |
| 上記複合 | 上記複合の場合は該当部分を積算する | 上記複合の場合は該当部分を積算する | |
| ②実地検査費用 | 実地検査を必要とした場合 | 別表3-6の費用 | 別表3-6による |
| ③検査報告書作成費用 | 検査報告書を必要とした場合 | 生産行程及び格付の基本業務にかかわる変更：別表3-7の基本手数料の50% | 施設の変更：料金別表3-2の該当する規模の費用の35% |
| 農場内加工施設に該当する施設の変更：農場内加工施設の費用に含む | 小分けの実施方法の変更：料金別表3-2の該当する規模の費用の35% | ||
| 生産者の変更：別表3-7の人数割増費用を変更人数分適用する | 格付の再表示の実施方法の変更：料金別表3-2の該当する規模の費用の30% | ||
| 上記複合 | 上記複合の場合は該当部分を積算する | 上記複合の場合は該当部分を積算する | |
| ④認定審査費用 | 生産（もしくは小分け）及び保管に係わる施設 | 農場内加工施設割増に該当する施設について適用し、農場内加工施設割増費用に含むものとする。 | 施設の変更：料金別表3-2の該当する規模の費用の35% |
| 生産（もしくは小分け）行程管理の実施方法、情報の公開の方法 | 生産者もしくは面積の変更の場合は、事業者の栽培管理のパターンごとに別表3-8から3-10の変更となった分の人数もしくは面積を各ランクとして適用し該当費用の38%とする。作物数の変更の場合は、一品目について1,425円とする。 | 小分けの実施方法の変更：料金別表3-2の該当する規模の費用の35% | |
| 生産（もしくは小分け）行程管理の体制 | 938 | ＊担当者の変更のみの場合は適用しない。 | |
| 格付もしくは格付の再表示の方法 | 生産者もしくは面積の変更の場合は、事業者の栽培管理のパターンごとに別表3-8から3-10の変更となった分の人数もしくは面積を各ランクとして適用し該当費用の7%とする。作物数の変更の場合は、一品目について265円とする。 | 格付の再表示の実施方法の変更：料金別表3-2の該当する規模の費用の30% | |
| 格付もしくは格付の再表示の体制 | 938 | ＊担当者の変更のみの場合は適用しない。 | |
| 上記複合 | 上記複合の場合は該当部分を積算する | 上記複合の場合は該当部分を積算する | |
| ⑤農場内加工施設割増 | 該当している場合 | 別表3-11 | 該当なし |
| ⑥流通・表示管理費 | 適用除外 | 0 | 0 |
| ⑦認証事業一般管理費 | 会費を納める会員は免除する | 上記合計額の34％ | 上記合計額の34％ |
| ⑧租税公課分担金 | 適用除外 | 0 | 0 |
| ⑨認定証交付 | 認定証の記載事項が変更となった場合 | 2,000 | 2,000 |
| ⑩JASマーク交付 | 該当なし | 0 | 0 |
| ⑪認定事項公開費用 | インターネット上の公開事項の変更を必要とした場合 | 960 | 960 |
| ⑬通知等交付費用 | 各種の確認通知等を発行する費用（認定事項の変更審査） | 2,065 | 2,065 |